Después de la Revolución

Luego de la guerra, el Parlamento peruano lo nombró gran mariscal y general en jefe de los ejércitos. Al frente de éstos marchó al Alto Perú, donde proclamó la República de Bolivia en homenaje al Libertador, a quien encargó la redacción de su Constitución. La Asamblea local lo nombró presidente vitalicio, pero dimitió en 1828 a raíz de los motines y la presión de los peruanos opuestos a la independencia boliviana. Se retiró entonces a Ecuador acompañado de su hija y de su esposa, la marquesa de Solanda. Poco después, acudió en ayuda de Colombia, invadida por el peruano José de la Mar, a quien derrotó en Portete de Tarqui. Tras la firma del tratado de Piura, marchó a Bogotá como delegado de Ecuador ante el Congreso allí reunido, en un momento en que la Gran Colombia se encontraba ya en proceso de desintegración. Formó parte de la comisión encargada de negociar con el general Páez, alzado en armas por la independencia de Venezuela.
Poco después, también Ecuador la declaró, y hacia allí se
dirigía para evitarla, cuando en la sierra de Berruecos, en el sur de Colombia, cayó víctima de una emboscada el 4 de junio de 1830. José María Obando fue señalado como autor intelectual y Pablo Morillo como ejecutor del crimen.